Octoate.de – Sinnvolles könnt ihr woanders lesen Konkrete Themen – Fehlanzeige, was mich gerade beschäftigt, wird aufs Korn genommen.

9Nov/090

Rechenleistung wissenschaftlichen Projekten spenden

Mittlerweile rechne ich schon seit Jahren an verteilten Projekten mit, wie ich hier im Blog in einem sehr umfangreichen Beitrag auch schonmal geschrieben habe. Dabei ist jede Menge sinniges und unsinniges bei herausgekommen, aber insgesamt bin ich der Meinung, dass ich die von mir nicht verwendete Rechenzeit doch sinnvoll in verschiedene Projekte investiere. Mein neuste Projekt, an dem ich mittlerweile mitarbeite, ist das World Community Grid (WCG). Das WCG ist ein selbstständiges Unterprojekt, das unter BOINC läuft, aber wiederum mehrere Unterprojekte beinhaltet.

Folgende Projekte laufen derzeitig im WCG (und erhalten meine Rechenresourcen):

  • Help Cure Muscular Dystophy – Bei diesem Projekt wird versucht ein Medikament gegen Muskeldystrophie (Muskelschwund) zu finden.
  • Influenza Antiviral Drug Search – Auch hier wird versucht, ein neues Medikament zu finden. Diesmal allerdings, um eine Ausbreitung von Grippeviren im Körper eines Menschen aufzuhalten.
  • Help Fight Childhood Cancer – Diese Projekt widmet sich dem Krebs im Kindesalter, spezieller dem Neuroblastom. Auch hier möchte man neue Erkenntnisse gewinnen, um bessere Medikamente herstellen zu können.
  • Nutritious Rice for the World – Hier werden die Proteine von Reis untersucht. Man hofft damit, dass man eine effiziente Kreuzung von Reissorten vornehmen kann, um den Ertrag zu erhöhen und eine höhere Widerstandsfähigkeit zu erreichen.
  • Help Conquer Cancer – Man versucht hier eine verbesserte Methode zur Proteinstrukturanalyse zu entwickeln, die dabei helfen soll, die Krankheit Krebs besser zu verstehen und neue Therapiemöglichkeiten zu finden.
  • Human Proteome Folding Project – Dieses Projekt versucht die Vorhersage von menschlichen Proteinen zu verbessern. Auch hier wird nach neuen Therapiemöglichkeiten gesuchten, u.a. wurden in der Vergangenheit bereits Malaria-relevante Datensätze durchgerechnet.
  • FightAIDS@home – Eigentlich braucht man dazu kaum noch was zu schreiben… Das Projekt versucht neue Medikamente zu finden, die gegen möglichst viele Mutationen der Immunschwäche zu finden.

Insgesamt sind das alles tolle Projekte, die vom WCG da durchgeführt werden. Wenn ihr noch keine Erfahrung mit solchen Projekten habt, dann schaut euch doch mal auf der WCG Homepage um und installiert den Client. Es wird wirklich nur die Rechenzeit verwendet, die gerade brach liegt, selbst beim Spielen stören die Clients nicht…

10Feb/090

Rueckblick: Meine verteilten Projekte

Da ich mittlerweile schon jahrelang an verteilten Projekten mitrechne, habe ich mir gedacht, dass es endlich mal Zeit wird, das bisher erreichte zusammenzufassen und mal einen Rückblick über die letzten Jahre meiner Arbeit am verteilten Rechnen zu geben. Wie ich schon beim Stichpunkte zusammenschreiben bemerkt habe, wird das wohl mal ein etwas längerer Blogbeitrag, weshalb ich zum ersten Mal hier im Blog den Beitrag teile.

18Sep/080

POEM@home Ergebnisse bei CASP8

Ich schätze mal, dass die Überschrift wohl etwas abschreckt, deshalb mal eine kurze Erklärung. POEM@home (Protein Optimizations with Energy Methods) ist ein verteiltes Projekt zur Proteinoptimierung des Forschungszentrums Karlsruhe.
Dieses Projekt hat an dem alle zwei Jahre durchgeführten Wettbewerb CASP teilgenommen, bei dem noch nicht veröffentlichte Proteinstrukturen verwendet werden, um die Algorithmen der einzelnen Projekte zu testen. Wer die Strukturen, die durch Experimente bereits bekannt sind, am besten vorhersagt hat gewonnen.
Soweit, so gut... POEM@home hat jedenfalls die Ergebnisse ihrer Vorhersagen veröffentlicht und scheint gar nicht schlecht abgeschnitten zu haben. Die offiziellen Ergebnisse stehen noch aus.
Da meine Rechner zu diesem Zeitpunkt am CASP Wettbewerb dem POEM@home Projekt ihre Rechenleistung zur Verfügung gestellt haben, möchte ich bereits jetzt schonmal dem Projekt zur Abarbeitung aller Proteinstrukturen gratulieren und auch weiterhin viel Erfolg für die Zukunft wünschen. Es freut mich jedenfalls, dass man an den Ergebnissen sieht, dass man nicht umsonst seine Rechenleistung zur Verfügung gestellt hat.